Bókhaldslega skiptist Manor Collect í tvo hluta. Annars vegar er innheimta í gegnum innheimtukerfi bankanna þar sem uppgjör er sjálfvirkt og hins vegar er innheimta í gegnum innheimtukerfi stofunnar þar sem uppgjör er handvirkt. Í báðum tilvikum annast Manor Collect allar aðgerðir en meðhöndlun fjár er afar ólík eftir því hvar krafan greiðist. Skýrist þessi skipting af eðlismun þess að gera kröfur upp samtímis eða nokkru eftir greiðslu.
Sjálfvirk innheimta
Er það nefnt þegar skuldari greiðir kröfu í netbanka og bankinn ráðstafar greiðslunni til kröfuhafa og innheimtuaðila auk þess að halda eftir fjármagnstekjuskatti af vöxtum. Uppgjör á sér stað samstundis og er því nefnt samtímauppgjör. Það eina sem ekki klárast strax er greiðsla á vsk af innheimtukostnaði en í ákveðnum tilvikum þarf að innheimta vsk vegna innheimtulauna af kröfuhafa en ekki skuldara. Sjá umfjöllun um virðisaukaskatt kröfuhafa.
Handvirk innheimta
Er þannig að skuldari greiðir beint til innheimtuaðila sem þarf að annast ráðstöfun greiðslunnar á milli kröfuhafa, innheimtuaðila og eftir atvikum tollstjóra (vsk, fjármagnstekjuskattur). Greiðslur á þessu stigi berast oftast inn á vörslureikning innheimtuaðila sem ber þá ábyrgð að skila fé til kröfuhafa í takt við samkomulag þar um. Þá hvílir sú skylda á innheimtuaðila að halda eftir fjármagnstekjuskatti af vöxtum og að skila virðisaukaskatti af innheimtulaunum.